A missão do Jardim Botânico de São Paulo é a preservação e o uso sustentável da biodiversidade paulista e brasileira, por meio da conservação “in-situ” e “ex-situ”, e o conhecimento de todos os grupos de plantas e fungos, bem como de suas relações com o meio ambiente.

Os Jardins Botânicos têm um papel fundamental neste processo conservacionista e educacional, cujo objetivo é ensinar a importância da vegetação, da conservação da biodiversidade, da pesquisa científica e do desenvolvimento sustentável.